如果在器官细胞合成分化过程中受到药物干扰，就会造成胎儿器官畸形。一个时期内用一种药物可引起多个器官畸形，也可能多种药物共同导致一种畸形。胎儿3个月后，各器官基本发育成形，此后再使用药物一般不会再发生畸形。
但也不能因此就说怀孕期间不能用药，只要告知医生怀孕的周数，经过医生处方并遵守用药方式，不但可以放心用药，还可避免妊娠高血压、妊娠糖尿病等并发症对胎儿的不良影响。
二、病毒感染导致胎儿畸形
孕早期检查自己是否受到病毒攻击
在怀孕早期，有些检查是孕妈妈一定要做的，其中就包括致畸病毒检查，绝大多数畸形儿的产生都和病毒有关，所以在孕检的时候孕妈妈一定要特别留意。
妊娠期病毒感染的发生率比正常女性要高，几乎大部分病毒都能传染给胎儿。其中风疹病毒、巨细胞病毒、水痘-带状疱疹病毒等对胎儿有严重的影响。
妊娠期感染病毒后可引起流产、早产、死胎、宫内发育迟缓及低体重儿，对存活的胎儿可导致先天畸形及其它系统改变。
绝大部分胎儿畸形都与这些病毒的感染有关，最为可怕的是：孕妈妈感染这些病毒后无症状或有些轻微的不适，这些不适不需任何治疗就会消失。可是留给胎儿的是无穷的祸患。大部分病毒感染无药可治。
5大病毒在作怪
早孕期的致畸病毒检查是一定要做的，包括：风疹病毒、巨细胞病毒、B19微小病毒、水痘病毒和弓形虫感染。不仅要求检查每个病毒的IgM，还要求检查IgG，因为前者是表示孕妇正在感染病毒，后者表示孕妇已经感染过了。
